1 技术简介
宏转录组学是在转录水平,以特定样本中微生物群落的全部转录本为研究对象,分析微生物群落的基因表达与调控。宏转录组测序,避开了微生物的分离培养,并且有效剔除了死亡微生物的相关信息,为科研人员提供了从整体水平研究特定环境,特定时期微生物群落基因组转录情况以及转录调控规律的高效工具。
2 实验流程
3 样品准备
样本类型 | 土壤/污泥 | 粪便 | 血液 |
样本要求 | 5-10g | 3-5g | 10ml |
4.分析内容(标准分析部分)
分析内容 | 解决问题 |
原始测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
De novo从头组装 | 数据拼接 |
基因预测 | 进行基因预测及相关性分析 |
物种、功能注释 | 物种、基因功能注释及相关分析 |
CARD | 耐药相关基因相关分析 |
CAZy-碳水化合物活性酶注释 | 基因筛选和CAZy功能筛选等数据过滤 |
差异表达分析 | 菌在特定时间下的基因表达情况 |