PacBio+HIC+群体基因组分析揭示甜玉米的进化和起源
甜玉米(Zea mays L.)是淀粉生物合成途径相关基因突变的结果。由于长期对甜玉米和大田玉米(非甜玉米杂交种)不同性状的选择,推测甜玉米基因组与先前组装的大田玉米基因组有很大不同。本研究通过流式细胞术、PacBio、Hi-C、RNA-seq等技术,获得了一个高质量的甜玉米参考基因组。通过对Ia453-sh2与大田玉米基因组的比较分析,确定了Ia453-sh2的结构和遗传变异。通过系统发育分析,揭示了大刍草、地方品种、甜玉米和田间玉米不同品系之间的遗传关系。通过群体基因组分析确定了被选择的基因组区域和与甜玉米性状相关的候选基因,为甜玉米的比较基因组学、功能研究和基因组辅助育种提供了重要的资源。···