干货 | 一文助你了解单细胞转录组拟时序分析软件
在整个细胞生命发育过程中,细胞会从一种功能“形态”分化到另外一种功能“形态”。不同形态的细胞会表达不同的基因,以实现它们特定阶段的功能。拟时间是对单个细胞在诸如细胞分化等过程中变化程度的度量。在许多生物过程中,细胞变化并不是完全同步的。研究发现单细胞分化等生物过程中细胞会分布在不同的分化阶段,在同一时期捕获的一组细胞中,有些细胞可能经历了分化过程中的几个阶段,有些可能尚未开始分化。拟时间是细胞分化进度的抽象单位,它是从细胞到轨迹起始点测得的最短距离,轨迹的总长度是根据一个细胞从起始形态到终止形态的转录变化总量来定义的。拟时序分析软件——Monocle,它依靠一种叫做反向图嵌入的机器学习技术来构建单细胞轨迹。将每个细胞必须经历的基因表达变化作为动态生物过程的一部分进行机器学习,一旦获取到基因表达变化的整体“轨迹”,Monocle可以将每个细胞放置在轨迹中的适当位置,并通过差异分析模块获取在轨迹过程中受调控的基因。···