Cell | 扩增子和宏基因组测序分析药物-微生物相关性能够预测癌症患者的临床治疗结果
识别药物暴露对癌症患者肠道微生物的影响是比较困难的。本研究通过开发和应用一个新的算法(PARADIGM, parameters associated with dynamics of gut microbiota, 肠道微生物动态变化与选定参数的相关性)解析了药物暴露和微生物组成之间的关系。所用的样品来自于一批系统性纵向收集的粪便微生物材料,这些材料是来自于造血干细胞异体移植患者,同时这些材料也具有医疗机构提供的关于患者信息的详细记录。发现一些非抗生素药物(包括泻药、止吐药、阿片类药物)与肠球菌属(Enterococcus)相对丰富度的升高和α多样性的降低有关。宏基因组测序数据分析结果进一步表明亚种竞争导致了患者在造血干细胞异体移植(allo-HCT)期间优势菌株的遗传趋同增加,同时发现这与患者抗生素药物暴露显著相关。···